1991年，香港黑帮三合会会员刘健明（刘德华 饰）听从老大韩琛（曾志伟 饰）的吩咐，加入警察部队成为黑帮卧底，韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年，警察训练学校优秀学员陈一听到这个名号，嬴兰月、司空菊雅和徐殃三人也不由心中一震，因为这个名号即使在如今的东大陆也是大名鼎鼎，他可是千年以前仙术最为昌盛时期的顶尖仙术师的代表，被誉为东大陆有史以来最强大的九大仙术师之一，在他成名的时候连徐殃都还没有出世呢，不过他在几百年前就已失踪，却不想竟来到了这西大陆。永仁（梁朝伟 饰）被上级要求深入到三合会做卧底，终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年，两人都不负重望，也都身背重压，刘健明渐想成为一个真正的好人，陈永仁则盼着尽快回归警察身份。
重案组从陈永仁手中获悉一批䓯品姣易清报，锁紧目标人物韩琛，没料清报被刘健明泄出，双方行动均告失败。但此事将双方均有卧底的事实曝露，引发双方高层清除内鬼的决心。命运迥异又相似的刘健明和陈永仁开始在无间道的旅程中接受严峻考验。
